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SciPy 0.18.0 版本發行說明#

SciPy 0.18.0 是 6 個月辛勤工作的成果。它包含許多新功能、大量的錯誤修復、改進的測試覆蓋率和更好的文件。此版本中有許多棄用和 API 變更，這些變更記錄在下方。鼓勵所有使用者升級到此版本，因為其中有大量的錯誤修復和最佳化。此外，我們的開發注意力現在將轉移到 0.19.x 分支上的錯誤修復版本，以及在 master 分支上新增新功能。

此版本需要 Python 2.7 或 3.4-3.5 以及 NumPy 1.7.1 或更高版本。

此版本的重點包括

新功能#

scipy.integrate 改進#

已在 scipy.integrate.solve_bvp 中實作 ODE 系統的二點邊界值問題求解器。此求解器允許非分離邊界條件、未知參數和某些奇異項。它使用四階配置演算法找到 C1 連續解。

scipy.interpolate 改進#

現在可以透過 scipy.interpolate.CubicSpline 使用立方樣條插值。此類別表示通過給定點且 C2 連續的分段立方多項式。它在每個分段的標準多項式基底中表示。

n 維張量積分段多項式的表示形式可作為 scipy.interpolate.NdPPoly 類別使用。

單變數分段多項式類別 PPoly 和 Bpoly 現在可以在週期性域上評估。為此使用 extrapolate="periodic" 關鍵字引數。

scipy.fftpack 改進#

scipy.fftpack.next_fast_len 函數計算 FFTPACK 的下一個「規則」數字。將輸入填充到此長度可以顯著提高 scipy.fftpack.fft 的效能。

scipy.signal 改進#

已在函數 scipy.signal.resample_poly 中實作使用多相濾波的重新取樣。此方法對訊號進行升採樣，套用零相位低通 FIR 濾波器，並使用 scipy.signal.upfirdn (在 0.18.0 中也是新的) 進行降採樣。對於某些訊號，此方法可能比 scipy.signal.resample 提供的基於 FFT 的濾波更快。

新增了 scipy.signal.firls，它使用最小平方誤差最小化來建構 FIR 濾波器。

新增了 scipy.signal.sosfiltfilt，它像 scipy.signal.filtfilt 一樣執行正向-反向濾波，但適用於二階區段。

離散時間線性系統#

scipy.signal.dlti 提供了離散時間線性系統的實作。因此，StateSpace、TransferFunction 和 ZerosPolesGain 類別已學習到新的關鍵字 dt，可用於建立相應系統表示的離散時間實例。

scipy.sparse 改進#

scipy.sparse 中的函數 sum、max、mean、min、transpose 和 reshape 已擴充其簽名，增加了額外的引數和功能，以提高與 numpy 中類似定義函數的相容性。

稀疏矩陣現在有一個 count_nonzero 方法，用於計算矩陣中非零元素的數量。與 getnnz() 和 nnz 屬性 (傳回儲存的條目數 (data 屬性的長度)) 不同，此方法計算 data 中非零條目的實際數量。

scipy.optimize 改進#

Nelder-Mead 最小化的實作 scipy.minimize(…, method=”Nelder-Mead”) 獲得了一個新的關鍵字 initial_simplex，可用於指定最佳化過程的初始單純形。

CG 和 BFGS 最小化器中的初始步長選擇已得到改進。我們預期此變更將在某些情況下提高最佳化的數值穩定性。有關詳細資訊，請參閱提取請求 gh-5536。

SLSQP 最佳化中無限邊界的處理已得到改進。我們預期此變更將在某些情況下提高最佳化的數值穩定性。有關詳細資訊，請參閱提取請求 gh-6024。

已將大型全域最佳化基準測試套件新增至 scipy/benchmarks/go_benchmark_functions。有關詳細資訊，請參閱提取請求 gh-4191。

如果呼叫者未設定最大迭代次數或函數評估次數的限制，Nelder-Mead 和 Powell 最小化現在僅會設定這些限制的預設值。在某些情況下，對於收斂速度慢的函數且僅設定 1 個限制，最小化可能會比以前的版本持續更長的時間，因此更可能達到收斂。請參閱問題 gh-5966。

scipy.stats 改進#

梯形分佈已實作為 scipy.stats.trapz。偏態常態分佈已實作為 scipy.stats.skewnorm。Burr type XII 分佈已實作為 scipy.stats.burr12。三參數和四參數 kappa 分佈已分別實作為 scipy.stats.kappa3 和 scipy.stats.kappa4。

新的 scipy.stats.iqr 函數計算分佈的四分位數間距。

隨機矩陣#

scipy.stats.special_ortho_group 和 scipy.stats.ortho_group 分別提供 SO(N) 和 O(N) 群組中隨機矩陣的產生器。它們在 Haar 分佈中產生矩陣，Haar 分佈是這些群組流形上唯一的均勻分佈。

scipy.stats.random_correlation 提供隨機相關矩陣的產生器，給定指定的特徵值。

scipy.linalg 改進#

scipy.linalg.svd 獲得了一個新的關鍵字引數 lapack_driver。可用的驅動程式為 gesdd (預設) 和 gesvd。

scipy.linalg.lapack.ilaver 傳回 SciPy 連結到的 LAPACK 程式庫版本。

scipy.spatial 改進#

布林距離 scipy.spatial.pdist 已加速。改進程度因函數和輸入大小而異。在許多情況下，可以預期速度提高 2 到 10 倍。

新類別 scipy.spatial.SphericalVoronoi 在球體表面上建構 Voronoi 圖。有關詳細資訊，請參閱提取請求 gh-5232。

scipy.cluster 改進#

已為 scipy.cluster.hierarchy.linkage 實作新的叢集演算法，即最近鄰鏈演算法。因此，對於多種連結方法，可以預期演算法有顯著的改進 (\(O(N^2)\) 而不是 \(O(N^3)\))。

scipy.special 改進#

新函數 scipy.special.loggamma 計算 Gamma 函數對數的主分支。對於實數輸入，loggamma 與 scipy.special.gammaln 相容。對於複數輸入，它在複數平面中具有更一致的行為，並且應優先於 gammaln。

球形 Bessel 函數的向量化形式已實作為 scipy.special.spherical_jn、scipy.special.spherical_kn、scipy.special.spherical_in 和 scipy.special.spherical_yn。建議使用它們來代替 sph_* 函數，這些函數現在已棄用。

多個特殊函數已擴充到複數域和/或已看到域/穩定性改進。這包括 spence、digamma、log1p 和其他幾個函數。

已棄用的功能#

lti 系統的跨類別屬性已棄用。以下屬性/設定器將引發 DeprecationWarning

名稱 - (存取/設定引發警告) - (設定引發警告) * StateSpace - (num, den, gain) - (zeros, poles) * TransferFunction (A, B, C, D, gain) - (zeros, poles) * ZerosPolesGain (A, B, C, D, num, den) - ()

球形 Bessel 函數 sph_in、sph_jn、sph_kn、sph_yn、sph_jnyn 和 sph_inkn 已棄用，建議改用 scipy.special.spherical_jn 和 spherical_kn、spherical_yn、spherical_in。

scipy.constants 中的以下函數已棄用：C2K、K2C、C2F、F2C、F2K 和 K2F。它們已被新的函數 scipy.constants.convert_temperature 取代，該函數可以執行所有這些轉換以及與蘭金溫標之間的轉換。

向後不相容的變更#

scipy.optimize#

optimize.bisect、optimize.brentq、optimize.brenth 和 optimize.ridder 的收斂準則現在與 numpy.allclose 的工作方式相同。

scipy.ndimage#

ndimage.interpolation.affine_transform 中的偏移量現在始終在套用矩陣後新增，無論矩陣是使用一維陣列還是二維陣列指定。

scipy.stats#

如果輸入不是實數或包含 nan，stats.ks_2samp 以前會傳回無意義的值。現在，對於此類輸入，它會引發例外狀況。

已移除 scipy.stats 分佈的幾個已棄用的方法：est_loc_scale、vecfunc、veccdf 和 vec_generic_moment。

已從 scipy.stats 中移除已棄用的函數 nanmean、nanstd 和 nanmedian。這些函數已在 scipy 0.15.0 中棄用，建議改用其 numpy 等效項。

已修復 scipy.stats 中分佈的 rvs() 方法中的錯誤。當為 rvs() 提供為廣播而塑形的引數時，在許多情況下，傳回的隨機樣本不是隨機的。問題的一個簡單範例是 stats.norm.rvs(loc=np.zeros(10))。由於此錯誤，該呼叫將傳回 10 個相同的值。此錯誤僅影響依賴形狀、位置和比例參數廣播的程式碼。

rvs() 方法也接受了一些不應該接受的引數。在 rvs() 接受實際上與廣播不相容的引數的情況下，存在向後不相容的可能性。一個範例是

stats.gamma.rvs([2, 5, 10, 15], size=(2,2))

第一個引數的形狀與請求的大小不相容，但該函數仍然傳回形狀為 (2, 2) 的陣列。在 scipy 0.18 中，該呼叫會產生 ValueError。

scipy.io#

如果同時給定 _FillValue 屬性和 missing_value 屬性，scipy.io.netcdf 遮罩現在優先考慮 _FillValue 屬性。此外，只有當資料與這些屬性之一完全匹配時，才會被視為遺失：與 _FillValue 或 missing_value 相差捨入誤差的值不再被視為遺失值。

scipy.interpolate#

scipy.interpolate.PiecewisePolynomial 類別已移除。它已在 scipy 0.14.0 中棄用，而 scipy.interpolate.BPoly.from_derivatives 可作為直接替代品。

其他變更#

Scipy 現在使用 setuptools 來建置，而不是使用 plain distutils。這修正了在依賴 Scipy 的專案的 setup.py 檔案中使用 install_requires='scipy' 的問題 (詳情請參閱 Numpy issue gh-6551)。這可能會影響 Scipy 本身的建置/安裝方法的行為。如果發現任何非預期的行為，請在 Scipy issue tracker 上回報。

PR #6240 變更了 scipy.optimize 模組中，基於 L-BFGS-B 常式之 maxfun 選項的解讀方式。L-BFGS-B 搜尋包含多次迭代，每次迭代包含一次或多次函數評估。舊的搜尋策略會在達到 maxfun 函數評估次數時立即終止，而新的策略允許當前迭代完成，即使已達到 maxfun 也是如此。

scipy.spatial 子套件中捆綁的 Qhull 副本已升級至 2015.2 版本。

scipy.sparse.linalg 子套件中捆綁的 ARPACK 副本已升級至 arpack-ng 3.3.0。

scipy.sparse 子套件中捆綁的 SuperLU 副本已升級至 5.1.1 版本。

作者#

  • @endolith

  • @yanxun827 +

  • @kleskjr +

  • @MYheavyGo +

  • @solarjoe +

  • Gregory Allen +

  • Gilles Aouizerate +

  • Tom Augspurger +

  • Henrik Bengtsson +

  • Felix Berkenkamp

  • Per Brodtkorb

  • Lars Buitinck

  • Daniel Bunting +

  • Evgeni Burovski

  • CJ Carey

  • Tim Cera

  • Grey Christoforo +

  • Robert Cimrman

  • Philip DeBoer +

  • Yves Delley +

  • Dávid Bodnár +

  • Ion Elberdin +

  • Gabriele Farina +

  • Yu Feng

  • Andrew Fowlie +

  • Joseph Fox-Rabinovitz

  • Simon Gibbons +

  • Neil Girdhar +

  • Kolja Glogowski +

  • Christoph Gohlke

  • Ralf Gommers

  • Todd Goodall +

  • Johnnie Gray +

  • Alex Griffing

  • Olivier Grisel

  • Thomas Haslwanter +

  • Michael Hirsch +

  • Derek Homeier

  • Golnaz Irannejad +

  • Marek Jacob +

  • InSuk Joung +

  • Tetsuo Koyama +

  • Eugene Krokhalev +

  • Eric Larson

  • Denis Laxalde

  • Antony Lee

  • Jerry Li +

  • Henry Lin +

  • Nelson Liu +

  • Loïc Estève

  • Lei Ma +

  • Osvaldo Martin +

  • Stefano Martina +

  • Nikolay Mayorov

  • Matthieu Melot +

  • Sturla Molden

  • Eric Moore

  • Alistair Muldal +

  • Maniteja Nandana

  • Tavi Nathanson +

  • Andrew Nelson

  • Joel Nothman

  • Behzad Nouri

  • Nikolai Nowaczyk +

  • Juan Nunez-Iglesias +

  • Ted Pudlik

  • Eric Quintero

  • Yoav Ram

  • Jonas Rauber +

  • Tyler Reddy +

  • Juha Remes

  • Garrett Reynolds +

  • Ariel Rokem +

  • Fabian Rost +

  • Bill Sacks +

  • Jona Sassenhagen +

  • Kari Schoonbee +

  • Marcello Seri +

  • Sourav Singh +

  • Martin Spacek +

  • Søren Fuglede Jørgensen +

  • Bhavika Tekwani +

  • Martin Thoma +

  • Sam Tygier +

  • Meet Udeshi +

  • Utkarsh Upadhyay

  • Bram Vandekerckhove +

  • Sebastián Vanrell +

  • Ze Vinicius +

  • Pauli Virtanen

  • Stefan van der Walt

  • Warren Weckesser

  • Jakub Wilk +

  • Josh Wilson

  • Phillip J. Wolfram +

  • Nathan Woods

  • Haochen Wu

  • G Young +

總共有 99 人為此版本做出貢獻。名字旁邊有「+」號的人是首次貢獻 patch。此名稱列表為自動產生，可能 не є 完全完整。

0.18.0 版本已關閉的 Issues#

  • #1484: SVD 使用 *GESVD lapack drivers (Trac #957)

  • #1547: ndimage.interpolation.affine_transform() 中 offset 使用不一致…

  • #1609: special.hyp0f1 回傳 nan (Trac #1082)

  • #1656: fmin_slsqp 增強功能 (Trac #1129)

  • #2069: stats broadcasting in rvs (Trac #1544)

  • #2165: sph_jn 對於某些 orders/values 回傳錯誤結果 (Trac #1640)

  • #2255: affine_transform 中平移和旋轉的順序不正確…

  • #2332: hyp0f1 args 和回傳值不符合 numpy 風格 (Trac #1813)

  • #2534: sparse .sum() 方法搭配 uint8 dtype 時行為不像…

  • #3113: 實作 CSPHJY, SPHJ, SPHY, CSPHIK, SPHI, SPHIK 的 ufuncs…

  • #3568: SciPy 0.13.3 - CentOS5 - test_arpack 中的錯誤

  • #3581: optimize: fmin_bfgs 中的 stepsize「不佳」

  • #4476: scipy.sparse non-native endian bug

  • #4484: optimize.fmin 中的 ftol 無法運作

  • #4510: sparsetools.cxx call_thunk 可能因 out of bounds 而導致 segfault…

  • #5051: _minimize_neldermead 的 ftol 和 xtol 是絕對值而非…

  • #5097: proposal: spherical Voronoi diagrams

  • #5123: 當傳入 Cython typed 時，呼叫 scipy.sparse.coo_matrix 失敗…

  • #5220: scipy.cluster.hierarchy.{ward,median,centroid} 無法運作…

  • #5379: 在 .travis.yml 的結尾新增一個建置步驟，以上傳可運作的…

  • #5440: scipy.optimize.basinhopping: accept_test 回傳 numpy.bool_…

  • #5452: 使用變數積分時 scipy.integrate.nquad 中的錯誤…

  • #5520: 無法正確繼承 csr_matrix

  • #5533: Kendall tau 實作使用 Python mergesort

  • #5553: stats.tiecorrect overflows

  • #5589: 將 Type XII Burr 分布新增至 stats。

  • #5612: sparse.linalg factorizations 對於小 k 而言速度緩慢，因為預設…

  • #5626: io.netcdf masking 應使用 masked_equal 而非 masked_value

  • #5637: Simple cubic spline interpolation?

  • #5683: BUG: Akima1DInterpolator 可能在給定多維度時回傳 nans…

  • #5686: scipy.stats.ttest_ind_from_stats 不接受陣列

  • #5702: scipy.ndimage.interpolation.affine_transform 缺少文件…

  • #5718: cdist 中加權 minkowski 距離的計算錯誤

  • #5745: 為下個版本移至 setuptools

  • #5752: DOC: solve_discrete_lyapunov equation 將轉置放在錯誤的位置…

  • #5760: signal.ss2tf 無法處理零階狀態空間模型

  • #5764: Hypergeometric function hyp0f1 對於複數行為不正確…

  • #5814: stats NaN Policy 錯誤訊息與程式碼不一致

  • #5833: stats.binom_test() 的 docstring 需要更新

  • #5853: scipy.linalg.expm 對於形狀為 (1,1) 的複數矩陣發生錯誤

  • #5856: Specify Nelder-Mead initial simplex

  • #5865: scipy.linalg.expm 對於某些 numpy 矩陣失敗

  • #5915: optimize.basinhopping - variable referenced before assignment.

  • #5916: LSQUnivariateSpline fitting failed with knots generated from…

  • #5927: scipy.stats.binned_statistic_dd 中的 unicode vs. string comparison

  • #5936: ks_2samp 的更快實作

  • #5948: csc matrix .mean 回傳單一元素矩陣而非純量

  • #5959: BUG: optimize test error for root when using lgmres

  • #5972: 32 位元 Python 上 sparse sum tests 的測試失敗

  • #5976: 使用 0 x 0 矩陣時 scipy.sparse.bmat 中發生非預期例外

  • #6008: scipy.special.kl_div 在 0.14.1 中不可用

  • #6011: von-Mises entropy 損壞

  • #6016: python crashes for linalg.interpolative.svd with certain large…

  • #6017: Wilcoxon signed-rank test with zero_method=”pratt” or “zsplit”…

  • #6028: stats.distributions 沒有 trapezoidal distribution

  • #6035: f_oneway 中的錯誤連結

  • #6056: BUG: signal.decimate 應僅接受 discrete LTI 物件

  • #6093: Linux 32 位元搭配 openblas 時的精確度錯誤

  • #6101: Python3、32 位元 Linux 上的 Barycentric transforms 測試錯誤

  • #6105: scipy.misc.face docstring 不正確

  • #6113: scipy.linalg.logm 對於 trivial matrix 失敗

  • #6128: sparse COO 陣列的 dot 方法在使用 numpy 時發生錯誤…

  • #6132: 使用最新 MKL 時發生失敗

  • #6136: 在搭配 MKL 的 master 上發生失敗

  • #6162: fmin_l_bfgs_b 回傳不一致的結果 (fmin ≠ f(xmin)) 且…

  • #6165: optimize.minimize 使用 Newton-CG 時無限迴圈

  • #6167: incorrect distribution fitting for data containing boundary values.

  • #6194: lstsq() 和其他函式將 numpy.complex256 偵測為 real

  • #6216: ENH: improve accuracy of ppf cdf roundtrip for bradford

  • #6217: BUG: weibull_min.logpdf return nan for c=1 and x=0

  • #6218: Is there a method to cap shortest path search distances?

  • #6222: PchipInterpolator no longer handles a 2-element array

  • #6226: ENH: improve accuracy for logistic.ppf and logistic.isf

  • #6227: ENH: improve accuracy for rayleigh.logpdf and rayleigh.logsf…

  • #6228: ENH: improve accuracy of ppf cdf roundtrip for gumbel_l

  • #6235: BUG: alpha.pdf and alpha.logpdf returns nan for x=0

  • #6245: ENH: improve accuracy for ppf-cdf and sf-isf roundtrips for invgamma

  • #6263: BUG: stats: Inconsistency in the multivariate_normal docstring

  • #6292: Python 3 unorderable type errors in test_sparsetools.TestInt32Overflow

  • #6316: TestCloughTocher2DInterpolator.test_dense crashes python3.5.2rc1_64bit…

  • #6318: Scipy interp1d ‘nearest’ not working for high values on x-axis

0.18.0 版本的 Pull requests#

  • #3226: DOC: Change nb and na to conventional m and n

  • #3867: allow cKDTree.query taking a list input in k.

  • #4191: ENH: Benchmarking global optimizers

  • #4356: ENH: add PPoly.solve(y) for solving p(x) == y

  • #4370: DOC separate boolean distance functions for clarity

  • #4678: BUG: sparse: ensure index dtype is large enough to pass all parameters…

  • #4881: scipy.signal: Add the class dlti for linear discrete-time systems….

  • #4901: MAINT: add benchmark and improve docstring for signal.lfilter

  • #5043: ENH: sparse: add count_nonzero method

  • #5136: Attribute kurtosistest() to Anscombe & Glynn (1983)

  • #5186: ENH: Port upfirdn

  • #5232: ENH: adding spherical Voronoi diagram algorithm to scipy.spatial

  • #5279: ENH: Bessel filters with different normalizations, high order

  • #5384: BUG: Closes #5027 distance function always casts bool to double

  • #5392: ENH: Add zero_phase kwarg to signal.decimate

  • #5394: MAINT: sparse: non-canonical test cleanup and fixes

  • #5424: DOC: add Scipy developers guide

  • #5442: STY: PEP8 amendments

  • #5472: Online QR in LGMRES

  • #5526: BUG: stats: Fix broadcasting in the rvs() method of the distributions.

  • #5530: MAINT: sparse: set format attr explicitly

  • #5536: optimize: fix up cg/bfgs initial step sizes

  • #5548: PERF: improves performance in stats.kendalltau

  • #5549: ENH: Nearest-neighbor chain algorithm for hierarchical clustering

  • #5554: MAINT/BUG: closes overflow bug in stats.tiecorrect

  • #5557: BUG: modify optimize.bisect to achieve desired tolerance

  • #5581: DOC: Tutorial for least_squares

  • #5606: ENH: differential_evolution - moving core loop of solve method…

  • #5609: [MRG] test against numpy dev

  • #5611: use setuptools for bdist_egg distributions

  • #5615: MAINT: linalg: tighten _decomp_update + special: remove unused…

  • #5622: Add SO(N) rotation matrix generator

  • #5623: ENH: special: Add vectorized spherical Bessel functions.

  • #5627: Response to issue #5160, implements the skew normal distribution…

  • #5628: DOC: Align the description and operation

  • #5632: DOC: special: Expanded docs for Airy, elliptic, Bessel functions.

  • #5633: MAINT: linalg: unchecked malloc in _decomp_update

  • #5634: MAINT: optimize: tighten _group_columns

  • #5640: Fixes for io.netcdf masking

  • #5645: MAINT: size 0 vector handling in cKDTree range queries

  • #5649: MAINT: update license text

  • #5650: DOC: Clarify Exponent Order in ltisys.py

  • #5651: DOC: Clarify Documentation for scipy.special.gammaln

  • #5652: DOC: Fixed scipy.special.betaln Doc

  • #5653: [MRG] ENH: CubicSpline interpolator

  • #5654: ENH: Burr12 distribution to stats module

  • #5659: DOC: Define BEFORE/AFTER in runtests.py -h for bench-compare

  • #5660: MAINT: remove functions deprecated before 0.16.0

  • #5662: ENH: Circular statistic optimization

  • #5663: MAINT: remove uses of np.testing.rand

  • #5665: MAINT: spatial: remove matching distance implementation

  • #5667: Change some HTTP links to HTTPS

  • #5669: DOC: zpk2sos can’t do analog, array_like, etc.

  • #5670: Update conf.py

  • #5672: MAINT: move a sample distribution to a subclass of rv_discrete

  • #5678: MAINT: stats: remove est_loc_scale method

  • #5679: MAINT: DRY up generic computations for discrete distributions

  • #5680: MAINT: stop shadowing builtins in stats.distributions

  • #5681: forward port ENH: Re-enable broadcasting of fill_value

  • #5684: BUG: Fix Akima1DInterpolator returning nans

  • #5690: BUG: fix stats.ttest_ind_from_stats to handle arrays.

  • #5691: BUG: fix generator in io._loadarff to comply with PEP 0479

  • #5693: ENH: use math.factorial for exact factorials

  • #5695: DOC: dx might be a float, not only an integer

  • #5699: MAINT: io: micro-optimize Matlab reading code for size

  • #5701: Implement OptimizeResult.__dir__

  • #5703: ENH: stats: make R² printing optional in probplot

  • #5704: MAINT: typo ouf->out

  • #5705: BUG: fix typo in query_pairs

  • #5707: DOC:Add some explanation for ftol xtol in scipy.optimize.fmin

  • #5708: DOC: optimize: PEP8 minimize docstring

  • #5709: MAINT: optimize Cython code for speed and size

  • #5713: [DOC] Fix broken link to reference

  • #5717: DOC: curve_fit raises RuntimeError on failure.

  • #5724: forward port gh-5720

  • #5728: STY: remove a blank line

  • #5729: ENH: spatial: speed up boolean distances

  • #5732: MAINT: differential_evolution changes to default keywords break…

  • #5733: TST: differential_evolution - population initiation tests

  • #5736: Complex number support in log1p, expm1, and xlog1py

  • #5741: MAINT: sparse: clean up extraction functions

  • #5742: DOC: signal: Explain fftbins in get_window

  • #5748: ENH: Add O(N) random matrix generator

  • #5749: ENH: Add polyphase resampling

  • #5756: RFC: Bump the minimum numpy version, drop older python versions

  • #5761: DOC: Some improvements to least squares docstrings

  • #5762: MAINT: spatial: distance refactoring

  • #5768: DOC: Fix io.loadmat docstring for mdict param

  • #5770: BUG: Accept anything np.dtype can handle for a dtype in sparse.random

  • #5772: Update sparse.csgraph.laplacian docstring

  • #5777: BUG: fix special.hyp0f1 to work correctly for complex inputs.

  • #5780: DOC: Update PIL error install URL

  • #5781: DOC: Fix documentation on solve_discrete_lyapunov

  • #5782: DOC: cKDTree and KDTree now reference each other

  • #5783: DOC: Clarify finish behaviour in scipy.optimize.brute

  • #5784: MAINT: Change default tolerances of least_squares to 1e-8

  • #5787: BUG: Allow Processing of Zero Order State Space Models in signal.ss2tf

  • #5788: DOC, BUG: Clarify and Enforce Input Types to ‘Data’ Objects

  • #5789: ENH: sparse: speedup LIL matrix slicing (was #3338)

  • #5791: DOC: README: remove coveralls.io

  • #5792: MAINT: remove uses of deprecated np.random.random_integers

  • #5794: fix affine_transform (fixes #1547 and #5702)

  • #5795: DOC: Removed uniform method from kmeans2 doc

  • #5797: DOC: Clarify the computation of weighted minkowski

  • #5798: BUG: Ensure scipy’s _asfarray returns ndarray

  • #5799: TST: Mpmath testing patch

  • #5801: allow reading of certain IDL 8.0 .sav files

  • #5803: DOC: fix module name in error message

  • #5804: DOC: special: Expanded docs for special functions.

  • #5805: DOC: Fix order of returns in _spectral_helper

  • #5806: ENH: sparse: vectorized coo_matrix.diagonal

  • #5808: ENH: Added iqr function to compute IQR metric in scipy/stats/stats.py

  • #5810: MAINT/BENCH: sparse: Benchmark cleanup and additions

  • #5811: DOC: sparse.linalg: shape, not size

  • #5813: Update sparse ARPACK functions min ncv value

  • #5815: BUG: Error message contained wrong values

  • #5816: remove dead code from stats tests

  • #5820: “in”->”a” in order_filter docstring

  • #5821: DOC: README: INSTALL.txt was renamed in 2014

  • #5825: DOC: typo in the docstring of least_squares

  • #5826: MAINT: sparse: increase test coverage

  • #5827: NdPPoly rebase

  • #5828: Improve numerical stability of hyp0f1 for large orders

  • #5829: ENH: sparse: Add copy parameter to all .toXXX() methods in sparse…

  • #5830: DOC: rework INSTALL.rst.txt

  • #5831: Adds plotting options to voronoi_plot_2d

  • #5834: Update stats.binom_test() docstring

  • #5836: ENH, TST: Allow SIMO tf’s for tf2ss

  • #5837: DOC: Image examples

  • #5838: ENH: sparse: add eliminate_zeros() to coo_matrix

  • #5839: BUG: Fixed name of NumpyVersion.__repr__

  • #5845: MAINT: Fixed typos in documentation

  • #5847: Fix bugs in sparsetools

  • #5848: BUG: sparse.linalg: add locks to ensure ARPACK threadsafety

  • #5849: ENH: sparse.linalg: upgrade to superlu 5.1.1

  • #5851: ENH: expose lapack’s ilaver to python to allow lapack verion…

  • #5852: MAINT: runtests.py: ensure Ctrl-C interrupts the build

  • #5854: DOC: Minor update to documentation

  • #5855: Pr 5640

  • #5859: ENH: Add random correlation matrix generator

  • #5862: BUG: Allow expm for complex matrix with shape (1, 1)

  • #5863: FIX: Fix test

  • #5864: DOC: add a little note about the Normal survival function (Q-function)

  • #5867: Fix for #5865

  • #5869: extend normal distribution cdf to complex domain

  • #5872: DOC: Note that morlet and cwt don’t work together

  • #5875: DOC: interp2d class description

  • #5876: MAINT: spatial: remove a stray print statement

  • #5878: MAINT: Fixed noisy UserWarnings in ndimage tests. Fixes #5877

  • #5879: MAINT: sparse.linalg/superlu: add explicit casts to resolve compiler…

  • #5880: MAINT: signal: import gcd from math and not fractions when on…

  • #5887: Neldermead initial simplex

  • #5894: BUG: _CustomLinearOperator unpickalable in python3.5

  • #5895: DOC: special: slightly improve the multigammaln docstring

  • #5900: Remove duplicate assignment.

  • #5901: Update bundled ARPACK

  • #5904: ENH: Make convolve and correlate order-agnostic

  • #5905: ENH: sparse.linalg: further LGMRES cleanups

  • #5906: scipy.integrate 中的增強功能與清理 (第二次嘗試)

  • #5907: ENH: 更改稀疏矩陣 sum 和 mean 的 dtype 轉換以匹配…

  • #5909: convolution 對稱性的變更

  • #5913: MAINT: basinhopping 移除實例測試，關閉 #5440

  • #5919: MAINT: 如果 basinhopping niter=0，則為未初始化的變數。關閉 #5915

  • #5920: BLD: 修復 MKL 缺少 lsame.c 錯誤

  • #5921: DOC: interpolate: 新增範例展示如何解決問題…

  • #5926: MAINT: spatial: 升級至 Qhull 2015.2

  • #5928: MAINT: sparse: 優化 DIA sum/diagonal, csgraph.laplacian

  • #5929: 更新 octave-maintainers 討論的資訊/URL

  • #5930: TST: special: 靜音來自 sph_yn 的 DeprecationWarnings

  • #5931: ENH: 實作 Gamma 函數對數的主分支。

  • #5934: 錯字: “mush” => “must”

  • #5935: BUG: 字串比較 stats._binned_statistic 關閉 #5927

  • #5938: Cythonize stats.ks_2samp 以獲得約 33% 的速度提升。

  • #5939: DOC: 修復 optimize.fmin 收斂 docstring

  • #5941: 修復 squareform docstring 中的小錯字

  • #5942: 更新 linregress stderr 描述。

  • #5943: ENH: 提高 lognorm 的數值準確度

  • #5944: 將 vonmises 合併到 stats pyx

  • #5945: MAINT: interpolate: 調整宣告以避免 cython 警告…

  • #5946: MAINT: sparse: 清理格式轉換方法

  • #5949: BUG: 修復 sparse .mean 以返回純量而不是矩陣

  • #5955: MAINT: 將對 hanning 的呼叫替換為 hann

  • #5956: DOC: 遺失句點干擾解析

  • #5958: MAINT: 為 lognorm.sf underflow 新增測試

  • #5961: MAINT _centered(): 將 size 重新命名為 shape

  • #5962: ENH: constants: 新增多尺度溫度轉換函數

  • #5965: ENH: special: 更快的方式計算 comb() for exact=True

  • #5975: ENH: 改善 signal.decimate 的 FIR 路徑

  • #5977: MAINT/BUG: sparse: 移除過於熱心的 bmat 檢查

  • #5978: minimize_neldermead() 在使用者要求的 maxiter 或 maxfev 停止

  • #5983: ENH: 使稀疏矩陣 sum 像 NumPy sum 一樣轉換 32 位元 dtype…

  • #5985: BUG, API: 為 curve_fit 新增 jac 參數

  • #5989: ENH: 新增 firls 最小平方擬合

  • #5990: BUG: read 嘗試處理 20 位元 WAV 檔案，但不應該

  • #5991: DOC: 清理 wav 讀取/寫入文件並為常見類型新增表格

  • #5994: ENH: 為 svd 新增 gesvd 方法

  • #5996: MAINT: Wave 清理

  • #5997: TST: 分解 upfirdn 測試 & 與 lfilter 比較

  • #6001: 濾波器設計文件

  • #6002: COMPAT: 擴展 compatibility fromnumeric.py

  • #6007: ENH: 在 freqresp 中跳過 TF 到 TF 的轉換

  • #6009: DOC: 修復 entr, rel_entr, kl_div 的 incorrect versionadded

  • #6013: 修復 von Mises 分佈的熵計算。

  • #6014: MAINT: 使 gamma, rgamma 為複數參數使用 loggamma

  • #6020: WIP: ENH: 為向量新增 exact=True factorial

  • #6022: 將 ‘lanczos’ 新增到影像插值函數列表。

  • #6024: BUG: optimize: 當沒有約束條件時，SLSQP 中不要使用虛設約束條件…

  • #6025: ENH: ODE 系統的邊界值問題求解器

  • #6029: MAINT: optimize._lsq 的未來匯入

  • #6030: ENH: stats.trap - 新增梯形分佈，關閉 #6028

  • #6031: MAINT: 對 optimize._numdiff 的一些改進

  • #6032: MAINT: 將 special/_comb.c 新增到 .gitignore

  • #6033: BUG: 檢查 interpolative.svd 中請求的近似秩

  • #6034: DOC: stats.py 中 mannwhitneyu 的文件已更正

  • #6040: FIX: 編輯 f_oneway 中的錯誤連結

  • #6044: BUG: (ordqz) 始終將參數 lwork 增加 1。

  • #6047: ENH: 將 special.spence 擴展到複數參數。

  • #6049: DOC: 將 PR #5640 的文件新增到 0.18.0 發行說明

  • #6050: MAINT: 與 loggamma 相關的小清理

  • #6070: 在 wilcoxon 中新增 asarray 以明確地將列表轉換為 numpy 陣列…

  • #6071: DOC: antialiasing filter 和連結 decimate resample 等。

  • #6075: MAINT: 為複數參數重新實作 special.digamma

  • #6080: 避免 kstest 中的多次計算

  • #6081: 釐清 pearson correlation 傳回值

  • #6085: ENH: 允許在 spsolve() 中使用 umfpack 的稀疏矩陣的長索引

  • #6086: 修復相關 Laguerre 多項式的描述

  • #6087: 更正 splrep 的 docstring。

  • #6094: ENH: special: 將 zeta 簽名變更為 zeta(x, q=1)

  • #6095: BUG: 修復 special.spence 中的整數溢位

  • #6106: 已修復 Issue #6105

  • #6116: BUG: 矩陣對數邊緣案例

  • #6119: TST: stats 在 python 3.5 上的 DeprecationWarnings 關閉 #5885

  • #6120: MAINT: sparse: 清理 sputils.isintlike

  • #6122: DOC: optimize: linprog 文件應說明最小化而不是最大化

  • #6123: DOC: optimize: 文件化 scipy.optimize.OptimizeResult 中的 fun 欄位

  • #6124: 將 FFT 零填充計算從 signaltools 移至 fftpack

  • #6125: MAINT: 改善 a ~ x 區域中的 special.gammainc。

  • #6130: BUG: sparse: 修復 COO 點積與零列的問題

  • #6138: ENH: stats: 改善 genextreme.sf 和 genextreme.isf 的行為

  • #6146: MAINT: 簡化 expit 實作

  • #6151: MAINT: special: 使 generate_ufuncs.py 輸出確定性

  • #6152: TST: special: 更好的 gammainc 大參數測試

  • #6153: ENH: 使 next_fast_len 公開且更快

  • #6154: 修復錯字 “mush”–>”must”

  • #6155: DOC: 修復一些不正確的 RST 定義列表

  • #6160: 使 logsumexp 在遮罩陣列上產生錯誤

  • #6161: 在 rosen 文件中新增遺失的括號

  • #6163: ENH: 新增 “kappa4” 和 “kappa3” 分佈。

  • #6164: DOC: integrate._bvp 中的小清理

  • #6169: 修復 mpf_assert_allclose 以處理可迭代結果，例如 maps

  • #6170: 修復 pchip_interpolate 便利函數

  • #6172: 更正 doc string 中錯放的括號

  • #6175: ENH: sparse.csgraph: 將索引傳遞給 shortest_path

  • #6178: TST: 增加廣義極值分佈的 sf 和 isf 的測試覆蓋率…

  • #6179: TST: 避免來自 numpy 的棄用警告

  • #6181: ENH: CubicSpline 的邊界條件

  • #6182: DOC: 為 max_len_seq 新增範例/圖表

  • #6183: BLD: 更新 Bento 建置設定檔以符合最近的變更。

  • #6184: BUG: 修復 io/wavfile 中 float96 輸入的問題。

  • #6186: ENH: PPoly 和 BPoly 的週期性外插

  • #6192: MRG: 新增 circle-CI

  • #6193: ENH: sparse: 避免 setitem 稠密化

  • #6196: 修復 cdist 中 Mahalanobis 距離的 docstring 中遺失的 sqrt，…

  • #6206: MAINT: solve_bvp 中的小變更

  • #6207: BUG: linalg: 對於 BLAS，將 complex256 向下轉換為 complex128，而不是…

  • #6209: BUG: io.matlab: 避免 read_element_into 中的緩衝區溢位

  • #6210: BLD: 建置時使用 setuptools。

  • #6214: BUG: sparse.linalg: 修復 LGMRES 分解處理中的錯誤

  • #6215: MAINT: special: 使 loggamma 使用 zdiv

  • #6220: DOC: 新增參數

  • #6221: ENH: 改善 solve_bvp 的 Newton 求解器

  • #6223: pchip 應適用於長度為 2 的陣列

  • #6224: signal.lti: 棄用跨類別屬性/設定器

  • #6229: BUG: optimize: 避免 Newton-CG 中的無限迴圈

  • #6230: 為 gaussian filter 的應用新增範例

  • #6236: MAINT: gumbel_l 準確度

  • #6237: MAINT: rayleigh 準確度

  • #6238: MAINT: logistic 準確度

  • #6239: MAINT: bradford 分佈準確度

  • #6240: MAINT: 避免由於 maxfun 中斷導致 l-bfgs-b 中的錯誤 fmin

  • #6241: MAINT: weibull_min 準確度

  • #6246: ENH: 為分佈新增 _support_mask

  • #6247: 修復 ode 範例的列印錯誤

  • #6249: MAINT: 將 stats.probplot 的 x 軸標籤變更為 “theoretical…

  • #6250: DOC: 修復錯字

  • #6251: MAINT: constants: 從已棄用的轉換中篩選出測試雜訊

  • #6252: MAINT: io/arff: 移除未使用的變數

  • #6253: 為 scipy.ndimage.filters 新增範例

  • #6254: MAINT: special: 修復一些建置警告

  • #6258: MAINT: inverse gamma 分佈準確度

  • #6260: MAINT: signal.decimate - 使用離散時間物件

  • #6262: BUG: odr: 修復字串格式化

  • #6267: TST: 修復 interpolate 和 stats 中的一些測試問題。

  • #6269: TST: 修復測試套件中的一些警告

  • #6274: ENH: 新增 sosfiltfilt

  • #6276: DOC: 更新 0.18.0 的發行說明

  • #6277: MAINT: 更新作者姓名映射

  • #6282: DOC: 更正 scipy.stats.normaltest 的參考文獻

  • #6283: DOC: 更多新增到 0.18.0 發行說明。

  • #6284: 為 loggamma 新增 versionadded:: 指令。

  • #6285: BUG: stats: multivariate_normal docstring 中的不一致性…

  • #6290: 將作者列表、gh-lists 新增到 0.18.0 發行說明

  • #6293: TST: special: 放寬測試的精確度

  • #6295: BUG: sparse: 停止比較 bsr_matrix 建構子中的 None 和 int

  • #6313: MAINT: 修復 python 3.5 travis-ci 建置問題。

  • #6327: TST: signal: 使用 assert_allclose 測試近乎相等性…

  • #6330: BUG: spatial/qhull: 通過 malloc 分配 qhT 以確保 CRT 喜歡…

  • #6332: TST: 修復 stats.iqr 測試以不發出警告，並修復行長度。

  • #6334: MAINT: special: 修復 hyp0f1 的測試

  • #6347: TST: spatial.qhull: 跳過 32 位元平台上的測試

  • #6350: BUG: optimize/slsqp: 不要覆寫超出範圍的陣列

  • #6351: BUG: #6318 Interp1d ‘nearest’ 整數 x 軸溢位問題已修復

  • #6355: 0.18.0 的 Backports

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